Steeds meer mensen krijgen last van bepaalde vormen van allergie. Bepaalde stofzuigers hebben daarom een HEPA (High Efficiency Particulate Air) filter voor het motor- en/of uitblaasfilter. Het HEPA-filter bereikt een filteringcapaciteit die in veel landen een vereiste is in ziekenhuizen, artsenpraktijken en apotheken. Zelfs de kleinste onzichtbare zwevende deeltjes, waarop vooral bij allergieën wordt gereageerd, worden door dit filter opgevangen. Met een HEPA-filter vangt de stofzuiger de (stof)lucht op en blaast schone lucht uit.
Het HEPA-filter voldoet bij normaal gebruik circa één jaar.